基于RefSeq數(shù)據(jù)庫(kù)的人類標(biāo)準(zhǔn)轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)集的構(gòu)建

美國(guó)國(guó)家生物信息技術(shù)中心(NCBI)提供了具有生物意義上的非冗余的基因和蛋白質(zhì)序列的RefSeq參考序列數(shù)據(jù)庫(kù).然而,由于基因普遍存在的多態(tài)性以及不同實(shí)驗(yàn)室對(duì)于序列測(cè)定的質(zhì)量控制存在差異等原因,已發(fā)現(xiàn)RefSeq數(shù)據(jù)庫(kù)可能存在部分質(zhì)量問題.文章基于"中心法則"提出"標(biāo)準(zhǔn)轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)集"的概念,以人類基因和基因組序列為例,利用BLAT、Sim4和自行設(shè)計(jì)的Elparser等基因結(jié)構(gòu)解析程序分析了RefSeq人類基因轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)(2005-4-18)與目前所公布的人類標(biāo)準(zhǔn)基因組(2005-4-20)的對(duì)應(yīng)關(guān)系.對(duì)于有實(shí)驗(yàn)證據(jù)支持的標(biāo)記為NM_和NR_的記錄,多種程序分析結(jié)果表明,其與標(biāo)準(zhǔn)基因組完全相對(duì)應(yīng)的記錄為9 771個(gè);符合多個(gè)程序修訂標(biāo)準(zhǔn)的記錄有10 943個(gè);而與標(biāo)準(zhǔn)基因組有較大差異的記錄為203個(gè),多種程序分析結(jié)果不一致的記錄為2 676個(gè),提示研究人員在使用此非標(biāo)準(zhǔn)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)時(shí),必須考慮到其存在非標(biāo)準(zhǔn)轉(zhuǎn)錄的原因甚至存在錯(cuò)誤的可能性.此文為基于標(biāo)準(zhǔn)、高質(zhì)量轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)集的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析、分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、基因多樣性和遺傳變異分析等提供了重要的參考標(biāo)準(zhǔn).相關(guān)結(jié)果可通過(guò)http://biocompute bmi.ac.cn/transcriptome/訪問.

作 者： 李稚鋒 李玉鑒 趙東升 杭興宜 王正志 駱志剛 張成崗 LI Zhi-Feng LI Yu-Jian ZHAO Dong-Sheng HANG Xing-Yi WANG Zheng-Zhi LUO Zhi-Gang ZHANG Cheng-Gang   作者單位： 李稚鋒,LI Zhi-Feng(軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所,北京,100850;國(guó)防科技大學(xué)機(jī)電工程與自動(dòng)化學(xué)院,長(zhǎng)沙,410073)

李玉鑒,LI Yu-Jian(北京工業(yè)大學(xué)計(jì)算機(jī)學(xué)院,北京,100822)

趙東升,ZHAO Dong-Sheng(軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院衛(wèi)生勤務(wù)與醫(yī)學(xué)情報(bào)研究所,北京,100850)

杭興宜,張成崗,HANG Xing-Yi,ZHANG Cheng-Gang(軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所,北京,100850)

王正志,WANG Zheng-Zhi(國(guó)防科技大學(xué)機(jī)電工程與自動(dòng)化學(xué)院,長(zhǎng)沙,410073)

駱志剛,LUO Zhi-Gang(國(guó)防科技大學(xué)并行與分布處理國(guó)防科技重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,長(zhǎng)沙,410073) 

刊 名： 遺傳  ISTIC PKU 英文刊名： HEREDITAS(BEIJING)  年，卷(期)： 2006 28(3)  分類號(hào)： Q754  關(guān)鍵詞： RefSeq數(shù)據(jù)庫(kù)   轉(zhuǎn)錄組   質(zhì)量控制   人類標(biāo)準(zhǔn)轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)集  

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